La Secretaría General (Artículos 38 a 41 del TM80) es el órgano técnico de la ALADI. Tiene atribuciones de proposición, evaluación, estudio y gestión orientadas a la mejor consecución de los objetivos de la Asociación. Está compuesta por personal técnico y administrativo y es dirigida por un Secretario General, el cual cuenta con el apoyo de dos Secretarios Generales Adjuntos, electos por un período de tres años, renovable por igual término.