La Secretaría General (Artículos 38 a 41 del TM80) es el órgano técnico de la ALADI. Tiene atribuciones de proposición, evaluación, estudio y gestión orientadas a la mejor consecución de los objetivos de la Asociación. Está compuesta por personal técnico y administrativo y es dirigida por un Secretario General, el cual cuenta con el apoyo de dos Secretarios Generales Adjuntos, electos por un período de tres años, renovable por igual término.

En la Décimotercera Reunión del Consejo de Ministros, mediante Resolución 63, el Embajador Hugo Saguier Caballero, de nacionalidad paraguaya, fue designado Secretario General por el período 2008-2011, asumiendo el cargo a partir del 20 de marzo de 2008.