A Secretaria-Geral (Artigos 38 a 41 do TM80)é o órgão técnico da ALADI. Tem atribuições de proposta, avaliação, estudo e gestão, orientadas à melhor consecução dos objetivos da Associação. Está integrada por pessoal técnico e administrativo e dirigida por um Secretário-Geral, com o apoio de dois Secretários-Gerais Adjuntos, eleitos por um período de três anos, renovável por igual período.

Na Décima Terceira Reunião do Conselho de Ministros, por meio da Resolução Nº 63, o Emb. Hugo Saguier Caballero,paraguaio, foi designado Secretário-Geral da ALADI para o período 2008-2011, assumindo o cargo a partir de 20 de março de 2008.

Vontade de consolidar uma organização eficiente, que contribua para a ampliação e o aprofundamento da integração latino-americana, com capacidade de adaptar-se permanentemente à dinâmica regional e internacional. Para tanto, propiciar uma maior especialização funcional, uma adequação das normas e processos às necessidades dos associados, melhor capacitação e relacionamento entre todos e uma ativa coordenação institucional com outros organismos.

Apoiar tecnicamente os países-membros para facilitar suas negociações, atendendo suas demandas e propondo alternativas que contemplem seus interesses e expectativas, objetivando aprofundar a integração regional com vistas ao desenvolvimento econômico e social da América Latina.